Koguduse juhtimisel on vaimulikele abiks koguduse juhtorganid. Iga nelja aasta järel valib koguduse täiskogu enda hulgast strateegilisemat laadi küsimuste otsustamiseks koguduse nõukogu. Nõukokku kuulub 7-30 valitavat liiget. Ameti poolest kuuluvad nõukogusse koguduse õpetaja ja abiõpetaja.
Nõukogu omakorda valib koguduse igapäevase töö juhtimiseks juhatuse. Juhatuse esimees on paljudes kogudustes õpetaja kõige lähem kaastööline, kes aitab korraldada nii vaimulikku elu puudutavaid küsimusi, kui ka majanduseluga seonduvat.
Pühapäeval, 16. veebruaril kogunes peale jumalateenistust EELK Rapla Maarja-Magdaleena koguduse täiskogu, et valida uus nõukogu koosseis, uus juhatus ning juhatuse esimees. Nii jumalateenistus kui valimised toimusid pastoraadis.
Uueks juhatuse esimeheks valiti Kaie Kensap, kellest sai läbi aegade esimene naisterahvas meie koguduses selles ametis. Juhatuse aseesimeheks valiti tagasi Kaidi Heinsalu. Lisaks neile kuuluvad juhatusse veel õpetaja Mihkel Kukk, Raivo Erm, Rene Heinsalu, Marko Kaljuveer ja Siim Jõgis.
Nõukogus on jätkuvalt kakskümmend valitavat liiget ning lisaks esimees Mihkel Kukk. Nõukogusse valiti järgnevad koguduse liikmed: Teri Alas, Kristjan Aller, Raivo Erm, Kaidi Heinsalu, Rene Heinsalu, Kurmet Holm, Siim Jõgis, Ülle Seervald, Helvin Kaljula, Marko Kaljuveer, Karmen Kaukver, Aili Kuldkepp, Kaie Kensap, Edmund Laugasson, Ain Mihkelson, Mari Pervik, Milvi Tammik, Marju Teiverlaur, Marek Toht ja Pärt Uusberg. Sinodi saadikuteks valiti Kaie Kensap ja Kaidi Heinsalu. Asendusliige on Raivo Erm.
